Institutda Magistratura bo‘limi 1999 yilda tashkil etilgan. Bo‘lim tashkil etilgan yilda 3 ta mutaxassislik bo‘yicha     14 nafar magistrant o‘qishga qabul qilingan. Ular asosan “Qishloq xo‘jalik mashinalari va jihozlari”, “Noorganik moddalar kimyoviy texnologiyasi”, “Ma’dan o‘g‘itlar va tuzlar kimyoviy texnologiyasi” mutaxassisliklari edi.

     2000-2001 o‘quv yilida “Menejment” mutaxassisligi оchildi va jami 26 ta magistrant o‘qishga qabul qilindi.  2001-2002 o‘quv yilida magistraturada yangi “Qurilish konstruksiyalari, bino va inshootlar”, “Sifatni nazorat qilish diagnostika asboblari”, “Mashinasozlik texnologiyasi” mutaxassisliklari ochilib, 1 kursga 57 nafar talaba qabul qilindi. 2004-2005 o‘quv yilidan boshlab esa “Tarmoqlar iqtisodiyoti”, “Buxgalteriya hisobi” kabi yangi mutaxassisliklar bo‘yicha magistraturaga talabalar qabul qilish yo‘lga qo‘yildi. Keyingi yillar davomida magistratura tarkibida “Sanoat issiqlik energetikasi”, “Energiya tejamkorligi”, “Elektr ta’minoti”, “Kimyoviy ishlab chiqarish va qurilish materiallari korxonalarining mashina va apparatlari”, “Oziq-ovqat xavfsizligi”, “Infratuzilma ob’ektlarini  qurish”, “Suv ta’minoti, kanalizatsiya, suv resurslarini muhofaza qilish va ulardan samarali foydalanish”, “Issiqlik-gaz ta’minoti, ventilyatsiya, havoni mo‘tadillash va havo havzasini muhofaza qilish” kabi bir qancha mutaxassisliklar ochilib, ularni 800 ga yaqin magistrlar bitirib chiqdilar.

       Farg‘ona politexnika instituti magistratura mutaxassisligini bitirganlarning bir qatori texnika fanlari nomzodi, texnika fanlari doktori, ilmiy darajalarini olishga erishdilar. Bundan tashqari ko‘plab sobiq bitiruvchilar o‘zlari egallagan mutaxassisliklari bo‘yicha respublika iqtisodiyotining turli sohalarida fidokorona mehnat qilishmoqda. Ular orasida o‘ndan ortiq tuman, shahar, viloyat va respublika miqyosidagi tashkilot va korxona rahbarlari, hokimliklarning mas’ul xodimlari va hokimlar bor. Jumladan, “Menejment” mutaxassisligini tamomlagan Sherzod Qudbiev bugungi kunda Bandlik va mehnat munosabatlari vaziri lavozimida mehnat qilmoqda.

Bo‘limga o‘tgan yillarda  professorlar A.A.Mirzaev va I.N.Ismanovlar, dotsentlar V.E.Gerdov, S.T.Tursunov, M.X.Zokirov, B.N.Fayzimatov, B.S.Usmanov, D.A.Ergashev, E.T.Mamurov va A.M.Abdullayevlar rahbarlik qilgan. Bugungi kunda bo‘limni A.S.Xojayev boshqarib kelmoqda.  

Magistratura bo‘limining birinchi qaldirg‘ochlari

Hozirgi kunda magistratura bo‘limida jami 234 та, шундай 1-босқичда 156 nafar talaba 13 ta mutaxassislik bo‘yicha, 2-босқичда 12 ta mutaxassislik bo‘yicha tahsil olmoqda. Ular institutning 12 ta mutaxassislik kafedralariga biriktirilgan bo‘lib, magistrantlarga ilmiy-pedagogik salohiyati yuqori bo‘lgan tajribali professor-o‘qituvchilar saboq berishmoqda.

Magistratura bo‘limining bitiruvchilari diplom olganini nishonlamoqda

• 5A310104 – “Sanoat issiqlik energetikasi”;
• 5A310201 – “Elektr ta’minoti ”(tarmoqlar bo‘yicha);
• 5A310202– “Energiya tejamkorligi” (tarmoqlar bo‘yicha);
• 5A320201 – “Mashinasozlik texnologiyasi va jihozlari” (ishlab chiqarish bo‘yicha);
• 5A320305 – “Kimyoviy sanoat va qurilish materiallari korxonalarining mashinalari va apparatlari”;
• 5A320401 – “Noorganik moddalar kimyoviy texnologiyasi” (ishlab chiqarish turlari bo‘yicha);
• 5A321003 – “Oziq-ovqat xavfsizligi”;
• 5A340203 – “Infratuzilma ob’ektlarini qurish” (inshoatlar turi bo‘yicha);
• 5A340401 – “Suv ta’minoti, kanalizatsiya, suv resurslarini muhofaza qilish va ulardan samarali foydalanish”;
• 5A340403 – “Issiqlik-gaz ta’minoti, ventilyatsiya, havoni  mo‘tadillash va havo  havzasini muhofaza  qilish”;
• 5A310601- Yer usti transport vositalari va tizimlari (transport turlari bo‘yicha);
• 5А341001-Qishloq aholi yashash joylarini arxitektura-loyihaviy tashkil etish;
• 5A410501-Qishloq xo‘jalik mahsulotlarini saqlash va dastlabki ishlash texnologiyasi  (mahsulotlar turlari bo‘yicha).

2020-2021 o‘quv yilidan boshlab institutning magistratura bo‘limiga yana 2 ta yangi nomdagi mutaxassisliklarning qabuli uchun ruxsat berildi:

• 5A230201 - Menejment (tarmoqlar va sohalar bo‘yicha)
• 5A230901- Buxgalteriya hisobi (tarmoqlar va sohalar bo‘yicha).

2020-2021 o‘quv yilidan boshlab institutning magistratura bo‘limida 14 ta quyidagi mutaxassisliklarga magistrantlar qabul qilinadi:

• 5A230201 - Menejment (tarmoqlar va sohalar bo‘yicha);
• 5A230901- Buxgalteriya hisobi (tarmoqlar va sohalar bo‘yicha);
• 5A310104 – “Sanoat issiqlik energetikasi”;
• 5A310201 – “Elektr ta’minoti ”(tarmoqlar bo‘yicha);
• 5A310601 – “Yer usti transport vositalari va tizimlari (transport turlari bо‘yicha)”;
• 5A312101 – “Energiya tejamkorligi va energoaudit (tarmoqlar bо‘yicha)”;
• 5A320201 – “Mashinasozlik texnologiyasi va jihozlari (ishlab chiqarish bо‘yicha)”;
• 5A320305 – “Kimyoviy sanoat va qurilish materiallari korxonalarining mashinalari hamda apparatlari”;
• 5A320401 – “Kimyoviy texnologiya (ishlab chiqarish turlari bо‘yicha)”;
• 5A321003 – “Oziq-ovqat xavfsizligi”;
• 5A340101 – “Bino va inshootlar arxitekturasi”;
• 5A340203 – “Infratuzilma obyektlarini qurish (inshootlar turi bо‘yicha)”;
• 5A340401 – “Muhandislik kommunikatsiya tizimlari, qurilishi va montaji (turlari bо‘yicha)”

5A410501 – “Qishloq xо‘jalik mahsulotlarini saqlash va dastlabki ishlash texnologiyasi (mahsulotlar turlari bо‘yicha)”.